Начиная с .NET Framework 4.0 все последующие версии 4.x этой системы устанавливаются как обновления основной. Это означает, что на одном компьютере может быть установлена только одна версия 4.х — та, которую вы установили последней. В принципе Microsoft обеспечивает высокую совместимость своей среды исполнения при «повышении» номера версий, но все же, как это следует из публикации в официальном .NET Blog, совместимость эта не является стопроцентной. У приложений могут быть особенности, которые будут работать в обновленном варианте фреймворка иначе, чем в предыдущем.

В этой связи Microsoft рекомендуя разработчикам использовать в своих проектах новейшие версии .NET Framework и одновременно советует заказчикам не спешить с соответствующим обновлением уже существующих приложений. Если же разработчик хочет, чтобы приложение гарантированно функционировало в новой версии среды, то нужно провести дополнительное тестирование ПО, используя специальные инструменты — API Portability Analyzer и .Net Framework Compatibility Analyzers.

Отметим, что подобных проблем совместимости при использовании более ранних главных версий (1.х −3.х) .NET Framework в принципе нет, поскольку все эти системы могут быть установлены на одном компьютере одновременно.